Dieser Abschnitt enthält eine Zusammenfassung des Handlungsrahmens (Fünfjahres-Plan) von Babylon 5 bis exklusive "Der Selbstversuch". Beachtet, daß er eine ganze Menge Spoiler enthält!
Das Babylon-Projekt wurde von der Erdregierung kurz nach dem Erd-Minbari-Krieg ins Leben gerufen. Schließlich entstand Babylon 5, ein diplomatischer Außenposten, erbaut um friedliche Konfliktlösungen zu ermöglichen. Selbst bei so hohen Zielen übertraf die galaktische Signifikanz der Station bald die kühnsten Träume seiner Erbauer - ganz abgesehen von ihrer Fähigkeit, alles zu kontrollieren. Die ersten Jahre von Babylon 5 wurden von dunklen Vorahnungen begleitet, die in immer größeren Bedrohungen für die Sicherheit der Station gipfelten. Doch als die aufkommende Dunkelheit eine galaxieweite Verzweiflung heraufbeschwört, wird die Station zu einem Fokus für viele kleine Lichtblicke.
Die Dunkelheit wird durch die Rückkehr einer mysteriösen alten Rasse, einzig bekannt als die Schatten, heraufbeschworen. Vor eintausend Jahren wurden sie von einer Allianz relativ junger Rassen, wie den Minbari, und einigen extrem mächtigen alten Rassen, die zusammen als Allererste bekannt sind, an den Rand des bekannten Raumes zurückgeschlagen. Diese Allerersten haben mit Ausnahme der Vorlonen die Grenzen der Galaxie - wahrscheinlich für immer - verlassen. Am Rand der Galaxis verstecken sich die Schatten auf verlassenen Welten wie Z'Ha'Dum, um ihre Kräfte für einen neuen Angriff zu sammeln ("Das Geheimnis von Z'Ha'Dum"). Sie handeln noch nicht offen, sondern nur durch Mittelsmänner wie Mr. Morden oder die Centauri. Was wollen sie? Das wissen nur sie selber. Anscheinend Chaos und die Kontrolle über zwei Drittel der Galaxis.
Es entbehrt nicht einer gewissen Ironie, daß ein Volk, welches sich so sehr Hedonismus und Frivolität verschrieben hat, wie die Centauri, zum Wegbereiter für Zerstörung und Verzweiflung wurde. Doch sie sind gefangen in ihren Träumen von einem verlorenen Imperium und den eitlen Launen von Persönlichkeiten wie Botschafter Mollari und Machiavellisten wie Lord Refa. Anfangs glaubt Londo er könne seinen neuen Freund Mr. Morden dazu benutzen, seine eigene Karriere voranzutreiben, ist dann aber unangenehm überrascht, daß der Preis in toten Narn bezahlt wird. Alle Warnungen ("Eine Frage der Farbe", "Duell unter Freunden") ignorierend und die größte Chance für einen Frieden ("Schatten am Horizont") in den Wind schlagend, überwacht Londo den Centauri-Narn-Krieg von seinem Ausbruch als kleiner Grenzkonflikt ("Ragesh 3" "Chrysalis") bis zu seinem Höhepunkt, der planetaren Bombardierung der Narn-Heimatwelt ("Die Armee des Lichts"). Doch als die Erfüllung seiner Träume in greifbare Nähe rückt, verebbt seine Freude daran und es beginnt ihm zu dämmern, daß am Ende er es ist, der in den Plänen anderer benutzt wird.
Der G'Kar, der unverschämt über den Präventivschlag der Narn gegen eine unbefestigte landwirtschaftliche Kolonie der Centauri gelogen hatte ("Ragesh 3"), ist weit von dem G'Kar entfernt, der gezwungen ist als letztes Mitglied der Narnregierung, die Erde um Asyl auf Babylon 5 zu ersuchen ("Die Armee des Lichts"). In den vergangen Jahren erlebte er eine religiöse Bestätigung, als er auf Z'Ha'Dum den Alten Feind entdeckte, von dem der Prophet G'Quon gesprochen hatte ("Rückkehr der Finsternis"). Er lernte Nutzlosigkeit kennen, als seine Warnungen vor der Rückkehr dieses Feindes anscheinend nur auf taube Ohren trafen. Und er lerne Demütigung kennen, durch die Größe des Imperators seines Feindes ("Schatten am Horizont"). Vielleicht waren es diese Ereignisse, die ihn darauf vorbereitet haben, die schwere Verantwortung auf sich zu laden, den Befreiungskampf seines Volkes aus dem Exil zu leiten.
Die Botschaften von der Erde wurden in den letzten Jahren auch merklich düsterer. Die außerirdischenfeindliche Home Guard ("Angriff auf die Außerirdischen"), der Beginn der Unabhängigkeitsbewegung auf dem Mars ("Angriff der Aliens") und der verstärkte Militarismus auf der Heimatwelt ("Die Schlacht um Matok") verblaßten bald im Vergleich zur Aufdeckung der Verschwörung, die zum Attentat auf den Erdpräsidenten führte ("Chrysalis,", "Der Arzt des Präsidenten") und den Anstrengungen des doppelzüngigen Ministeriums für Frieden, auch den leisesten Widerspruch im Keime zu ersticken. In seinem moralisch fragwürdigsten Moment entschloß sich die Erdregierung, einen Nichtangriffpakt mit dem sich ausdehnenden Centauriimperium zu unterzeichnen ("Ein Pakt mit dem Teufel"), statt für die Souveränität der Blockfreien Welten einzutreten.
Wann auch immer die Mannschaft von Babylon 5 die mehr und mehr beunruhigenden Situationen, die sich aus dem Kontakt zur Erde ergeben, untersucht, trifft sie regelmäßig auf das Psi-Corps, das hinter den Vorhängen die Fäden zieht. Es wird deutlich, daß das Psi-Corps bei den Methoden Menschen zu manipulieren um seine Macht zu stärken keine Grenzen kennt ("Die Macht des Geistes" "Drei Frauen für Mollari" "Der Gedankenpolizist"). Unter den vielen, die das Corps mit Vorsicht betrachten, ist Ivanovas Haß auf das Corps fast legendär, aber er ist auch ein Schutzschild vor ihrer Angst, daß man ihre latenten telepathischen Fähigkeiten entdeckt. Im Corps selber scheint es eine sogar noch gefährlichere Geheimorganisation zu geben, die unter dem Decknamen Büro 13 agiert ("Freiheit für den Mars"). Abgesehen von gelegentlichen Akten von Manipulation und Zerstörung, ist das Büro wahrscheinlich dafür verantwortlich, die künstliche Identität in Thalia Winters implantiert zu haben. Diese Identität wurde ausgesandt, um B5 auszuspionieren und zerstörte am Ende Thalias eigene Persönlichkeit ("Verräter ohne Schuld").
Die mächtigen und ehrenhaften Minbari hatten nach ihrer ersten Begegnung mit den Menschen die Erde fast ausgelöscht, gaben dann unerwartet in der Stunde ihres Sieges auf und unterstützten später das Babylon-Projekt. Selbst von den wenigen Menschen und Minbari, die die ganze Geschichte kennen, glauben sie viele nicht. Als ein einzelner Pilot (Jeffrey Sinclair) in der letzten Schlacht des Erd-Minbari-Krieges versucht, einen Kreuzer der Minbari zu rammen, wird er gefangen genommen und verhört ("Gefangen im Cybernetz"). Zu seinem Entsetzen stellte der Rat fest, daß Seelen der Minbari in Menschen wiedergeboren wurden. Abgesehen davon, daß die Minbari ihrer eigenen Art kein Leid zufügen, behauptet eine alte Prophezeiung, daß es eine große Herausforderung geben wird, die nur gemeistert werden kann, wenn sich die beiden Hälften der Minbariseele vereinigen. Aus diesem Grunde befahl der Rat der Flotte der Minbari, sich zu ergeben ("Die Feuerprobe"). Viele Minbari, besonders die Mitglieder der Kriegerkaste, verachten diese Entscheidung ("Minbari lügen nicht") und als die Kriegerkaste an Macht gewinnt, zeigen sich erste Anzeichen der Spaltung in der ehemals so kohärenten Gesellschaft.
Die Prophezeiung erwähnt auch ein Individuum, daß die kombinierten Kräfte von Minbari und Menschen anführen wird. Delenns Glaube daran, daß sie die Auserwählte ist ("Das Verhör des Inquisitors"), ist so stark, daß sie nicht nur ihre Wahl zur Führerin des Grauen Rates ablehnt ("Verloren in der Zeit"), sonder sogar entgegen ihren Instruktionen nicht abwartet, sondern die Metamorphose zu einem Hybriden aus Mensch und Minbari bereits in "Chrysalis" vornimmt ("Rückkehr der Finsternis"). Obwohl ihr erlaubt wird, als Botschafterin auf B5 zu bleiben, wird ihre Zuversicht doch stark dadurch erschüttert, daß der Graue Rat sich entscheidet, sie aus dem Kreis auszuschließen ("Alarm in Sektor 92") und sie weder von den Menschen noch von den Minbari akzeptiert wird ("36 Stunden auf Babylon 5" "Minbari lügen nicht"). Sie kann sich nur noch auf ihren Glauben an sich selbst, die Loyalität Lenniers und ihre wachsende Beziehung zu Captain Sheridan verlassen.
Delenn scheint auch die Zustimmung der Vorlonen zu haben, obwohl das eine schwere Last sein kann. Geheimnisvoll und hoch entwickelt, scheinen die Vorlonen nur selten die Meinung anderer bei ihren Handlungen in Betracht zu ziehen. Sie haben - heimlich - viele Heimatwelten besucht, eventuell um die dort lebenden Spezies zu leiten oder zu manipulieren. Kosh ist Willens den wenigen, die seine Aufmerksamkeit verdienen, wie Sheridan und Delenn, zu helfen ("Minbari lügen nicht" "Der Arzt des Präsidenten"), doch diese Begegnungen hinterlassen ihre Spuren ("Das Verhör des Inquisitors"). Seit seiner Ankunft auf der Station bleibt Kosh seit Jahren in seinem Schutzanzug verborgen. Als er sich schließlich zeigt, erscheint er als mystisches Lichtwesen, das von jeder Spezies anders gesehen wird. Nur wenige begreifen, daß es Kosh war, den sie gesehen haben, aber die meisten sind sich darin einig, daß sie Zeugen dafür wurden, daß die Station gesegnet ist ("Ein Pakt mit dem Teufel").
Nachdem er monatelang immer wieder das Verhalten seiner Crew getestet hatte, weiht Sheridan Ivanova, Franklin und Garibaldi in einen sehr gefährlichen Plan ein, die Wurzel des Übels bloßzulegen, das im Herzen der Erdregierung wuchert. Am Anfang waren sie ganz alleine, abgesehen von Sheridans Kontaktmann, General Hague. Doch als die Schatten kommen und die Dunkelheit sich in der Galaxis ausbreitet, erhält Babylon 5 unerwartete Unterstützung für den bevorstehenden Kampf. Die erste ist Draal, das minbarische Herz der Großen Maschine, einer sehr mächtigen Waffen auf dem Planeten unter der Station. Weitere Unterstützung kommt vom Botschafter auf Minbar, wo der frühere Stationskommandant Sinclair eine wachsende Armee von Rangern anführt, die zum größten Teil aus Menschen und Minbari besteht. Auf Babylon 5 unterstehen die Ranger Delenn und Captain Sheridan. Doch selbst mit Draal und den Vorlonen in ihren Reihen scheinen die Kämpfer für das Licht 2260 nur wenige und schwach zu sein, im Vergleich zur gewaltigen, angsteinflößenden Macht der Schatten.
In "Das Schattenschiff" kommt Marcus Cole, einen Ranger, auf die Station. Er führt Sheridan und Delenn zu einem neuen Schiff, Weißer Stern, einer Kombination aus minbarischer und Vorlonentechnologie. Unter Aufbietung aller Kräfte dieses neuen Schiffes, schafft es Sheridan, einen Kreuzer der Schatten zu zerstören. Londo versucht, seine Beziehungen mit den Schatten zu beenden. Morden trifft sich mit einem Gedankenpolizisten, was augenscheinlich nicht das erste Mal der Fall ist.
Die Centauri schicken in "24 Stunden bis zum Ende" einen Ersatz für G'Kar auf die Station und drohen damit, G'Kars Familie zu verfolgen, wenn der sein Exil nicht aufgeben und sich einem Prozeß stellen würde. Während dessen bietet sich T'Lon, ein Narn dessen Leben Sheridan einige Monate zuvor gerettet hatte ("Alarm in Sektor 92"), an, dessen Bodyguard zu werden. Londo arrangiert es, daß Vir als neuer Botschafter nach Minbar geschickt wird.
In "Die Schrift aus Blut" kehrt Lyta Alexander, erste Telepathin der Station und diejenige, die Thalias von Büro-13 implantierte Personalität demaskierte, von einem Aufenthalt auf der Heimatwelt der Vorlonen, wo sie Attaché von Botschafter Kosh wurde, auf die Station zurück. Es sieht so aus, als hätten die Vorlonen sie verändert, eventuell soweit, daß sie einen von ihnen in sich tragen könnte.
Die Armee des Lichts unternimmt in "Der Beweis" erste Schritte gegen Präsident Clark, indem sie eine Aufnahme veröffentlichen, in der Morden und Clark das Attentat auf Präsident Clark planen. Ivanova entdeckt eine weitere Rasse der Allerersten und versichert sich ihrer Hilfe im Kampf gegen die Schatten.